La porte vers Kingdom Hearts a été scellée, portant un coup aux sans-coeurs et restaurant les mondes à leurs états normaux, mais Riku et le Roi Mickey sont pris au piège à l'intérieur ! Et maintenant Sora, Donald et Dingo partent à la recherche de leurs amis dans le mysterieux Chateau Oblivion, où une personne encapuchonnée leur dit "Plus loin repose ce dont vous avez besoin, mais pour l'obtenir vous devrez perdre quelque chose qui vous est cher." Qu'est-ce qui peut être plus précieux que leurs propres mémoires ? Et que leur veulent les membres fantômatiques de l'organisation ?