Tous commence dans la ville de Mako, appelée Midgar. La Shinra commande toute la ville, même les politiciens, en employant une source d'énergie appelée le Mako. Les quartiers généraux se situent au coeur de Midgar là où se trouvent plusieurs générateurs appelés les "Réacteurs Mako". L'énergie de Mako que la Shinra exploite apportant des vies riches et abondantes à ses habitants, était en fait le flux qui gouverne la vie en ce monde. L'énergie même, la source de tout monde et de toute vie de la planète : la Rivière de Vie.
"Si les choses continuent telles qu'elles sont, la planète mourra sûrement."
L'exploitation de la Rivière de Vie a porté préjudice à la vie de la planète. Les quelques personnes qui apprirent que la planète mourait, organisèrent un groupe appelé AVALANCHE pour lutter contre la Shinra, et ont commencé à mener des campagnes de résistance terroriste. Ils se sont lancés dans une mission pour détruire les réacteurs de Mako. La Shinra tenta d'utiliser la force contre eux. Elle disposait d'un groupe militaire d'élite appelée le SOLDAT. Ils étaient ceux qui, il y a bien longtemps récupérèrent Jenova qui tomba du ciel pour détruire le monde. La Shinra récupa ses cellules, et les enterrèrent.
Parmi les membres d'AVALANCHE, il y avait Cloud, un ancien membre du SOLDAT. Cloud, était juste un SOLDAT, qui n'avait ni sentiment, ni idéologie ni compassion. Il a seulement participé à la mission en tant que mercenaire utilisé par AVALANCHE. Cette mission au réacteur a déclenché un long et dur voyage dans lequel il a dû se demander, "Qu'est donc devenu mon passé perdu ?" "Quelle est la signification de mon existence?"
Les SOLDAT, cette force d'élite qui été employé à mauvais escient par la Shinra… parmi eux il y en avait un qui s'appelait Sephiroth. C'était un excellent soldat, mais quand il eut découvert qu'il naquit d'une horrible expérience, il ne vécut que pour haïr la Shinra. Finalement... il se mit à haïr tout ce qui put exister en ce monde : la Shinra, et tous ceux qui se sont levés contre lui. La haine de Sephiroth était si forte qu'il essaya de détruire le monde et les gens, qui essayèrent de l'arrêter.
Il y eu tellement de batailles, tant de tristesse de ces batailles infinies... Celle que nous aimions devint une partie de la Rivière de Vie. Ce jour-ci, la puissance du monde lui même arrêta toutes les batailles, en utilisant la Rivière de Vie comme une arme. La Rivière de Vie, jaillissant du monde entier prenant batailles, ambitions, tristesse... Prenant tout et s'en nourrissant. En échange de cette tristesse, tout a été arrêté.
Ces choses se sont toutes produites il y a deux ans maintenant... mais le monde semble avoir été beaucoup plus touché que n'importe qui aurait pu l'imaginer. Le syndrome de Geostigma s'est répandu sur la planète...