La Quête des Chocobo est la plus longue quête secondaire du jeu et de loin la plus intéressante. Elle consiste à chevaucher le volatile le plus célèbre de la saga, afin de déterrer une multitude de trésors contenant divers objets ou équipements de valeur.
Vous pouvez commencer cette quête vers la fin du CD1. Toutefois une foie que vous aurez acquis les Chocographes vous ne pourrez y déterrer que très peu de trésors en raison de la faible visibilité (à cause de la Brume) et de la petite partie de la carte dans laquelle vous pouvez opérer. Aussi est-il plus judicieux de continuer cette quête vers la fin du CD3, lorsque vous possédez l’Hildegarde 3, vous aurez alors la possibilité d’évoluer partout dans le monde, et la disparition de la Brume rendra la tâche beaucoup plus facile. Vous pouvez également finir cette quête au CD4, bien que la visibilité soit redevenue médiocre.

Lors du "rendez-vous" de Djidane et Dagga au sommet du château de Lindblum, vous découvrez le monde à travers le télescope et repérez un Chocobo ainsi que la Forêt des Chocobo. Une fois parti de Lindblum, dirigez-vous vers le nord-est, sur l'Atlas, et traversez le pont pour rejoindre la forêt. Vous trouverez sa position exacte en ouvrant votre Carte. La Forêt des Chocobo est habitée par un Chocobo nommé Choco et un Mog nommé Méné. Méné vous donne un ChocoLégume, puis vous présente à Choco et vous explique comment vous attirer la confiance du volatile jaune :

 

Sortez de la Forêt des Chocobo et cherchez les traces de Chocobo au sud de la forêt. Elles ressemblent à des traces d'oiseau classiques, mais il est parfoie difficile de les distinguer sur le sol.

 

Sélectionnez alors le ChocoLégume dans votre inventaire et utilisez-le pour appeler Choco, que vous venez de rencontrez dans la Forêt des Chocobo.

 

Approchez-vous de votre ami à plumes et appuyez sur la touche pour monter Choco. Retournez ensuite voir Méné dans la Forêt des Chocobo.

 

A votre retour dans la forêt, Méné vous confie un secret : une fois qu'un Chocobo a reconnu quelqu'un comme son maître, il le suit partout lorsque ce dernier l'appelle. En outre, Choco est capable de sentir les trésors ensevelis. Pour profiter de ces talent, donnez 60 Gils à Méné et vous pourrez faire pendant une minute une partie de "Creuse ! Chocobo !". Cette mise n'est rien en comparaison des richesses que vous pouvez déterrer au cours de ce jeu.